Posebno varstveno območje (območje Natura 2000) je ekološko pomembno območje, ki je na ozemlju Evropske unije pomembno za ohranitev ali doseganje ugodnega stanja vrst ptic (posebna območja varstva) ter drugih živalskih in rastlinskih vrst, njihovih habitatov in habitatnih tipov (posebno ohranitveno območje), katerih ohranjanje je v interesu EU; (Uredba o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), Uradni list RS, št. 49/2004, 110/2004, 59/2007, 43/2008, 8/2012, 33/2013, 35/13, 39/2013, 3/14). Območja Natura 2000 skupaj tvorijo evropsko ekološko omrežje.

V Krajinskem parku Kolpa je prisotnih šest območij Natura 2000; eno je varovano po Direktivi o pticah, pet območij pa po Direktivi o habitatih (Uredba o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), Uradni list RS, št. 49/04, 110/04, 59/07, 43/08, 8/12, 33/13, 35/13, 39/13, 3/14). Ta so:

1. Posebno območje varstva Kočevsko (SI5000013), ki predstavlja dinarski kraški svet na jugovzhodu Slovenije, pokrit pretežno z ilirskim jelovo bukovim ter bukovim gozdom, ki sega tudi na območje parka. Gre za del največjega strnjenega kompleksa gozdov v Sloveniji in je habitat številnih gozdnih vrst ptic.

2. Posebno ohranitveno območje Petrišina jama (SI3000072) obsega Petrišino jamo ter njeno bližnjo gozdnato okolico med Preloko in Adlešiči, kjer je znanih še več jamskih vhodov. Petrišina jama je ena večjih jam v tem delu Bele krajine; splet rovov meri 244 metrov, globina pa 58 metrov. Jama je pomembna kot prezimovališče in prehodno zatočišče netopirjev južnih podkovnjakov, gozdna okolica, ki na vzhodnem delu sega tudi na območje parka, pa kot njihovo prehranjevališče.

3. Posebno ohranitveno območje in potencialno posebno ohranitveno območje Kolpa (SI3000175), ki je osrednja belokranjska reka in osrednja točka parka. V zgornjem toku teče delno v izraziti soteski, nato pa po poplavni ravnici, ki se razširi pri Vinici ter nato dolvodno, že zunaj območja parka pod Gribljami in pri Metliki. Ob celotnem toku reke Kolpe so prisotni pestri vodni in obvodni habitatni tipi, kraški izviri ter izvirne kraške jame, ki nudijo ugoden življenjski prostor številnim redkim in ogroženim vrstam; še posebej ribam, močvirski sklednici, potočnemu škržku in vidri.

4. Posebno ohranitveno območje in potencialno posebno ohranitveno območje Veliko bukovje (SI3000179), katerega predstavnik so ilirski hrastovo-belogabrovi gozdovi, ki poraščajo vrtačast kraški svet med Vinico, Bojanci in Adlešiči ter nudijo življenjski prostor metuljema črtastemu medvedku (Callimorpha quadripunctaria) in velikemu frfotavčku (Leptidea morsei).

5. Posebno ohranitveno območje in potencialno posebno ohranitveno območje Kočevsko (SI3000263), ki obsega redko poseljene strnjene, dobro ohranjene gozdove, ki prekrivajo 95 % območja in so življenjski prostor predvsem velikih zveri ter ptic, med katerimi izstopa kozača (Strix uralensis). Tu je prisotnih tudi dvanajst habitatnih tipov, od katerih jih na območje parka sega šest.

6. Potencialno posebno ohranitveno območje Marindol (SI3000296) se nahaja med vzhodnim vznožjem Velikega Bukovja in reko Kolpo in je del nizkega dinarskega krasa, za katerega je značilna visoka stopnja vertikalne razčlenjenosti v obliki številnih vrtač. Območje obsega prepletajoče se nižinske ekstenzivno gojene travnike ter polnaravna suha travišča in grmiščne faze na karbonatnih tleh z rastišči kukavičevk. Strukturirano območje je življenjski prostor tudi metulju velikemu frfotavčku (Leptidea morsei).

Vir: JZ KP Kolpa; http://gis.arso.gov.si/nva/profile.aspx?id=N2K@ZRSVN

Površina območij Natura 2000 znotraj Krajinskega parka Kolpa

Vir: Uredba o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), (Uradni list RS, št. 49/04, 110/04, 59/07, 43/08, 8/12, 33/13, 35/13, 39/13, 3/14); izračuni: JZ KP Kolpa.